Organisation
Det er Limfjordsrådets formål, at understøtte forbedringer af Limfjordens miljøtilstand ved at koordinere og sikre samarbejde mellem kommunerne således, at tiltag til reduktion af belastningen på Limfjorden bliver identificeret og håndteret i fællesskabet til gavn for naturen og alle dem der færdes i den.
Politikergruppen
Arbejdet er organiseret med et politisk forum (styregruppen) bestående af byrådsmedlemer fra de deltagende kommuner. Politikerne samles minimum 2 gange og typisk 3-4 gange årligt. I det politiske forum tages initiativer med henblik på at understøtte rådets formål. Rådets Formand og Næstformand er talsmænd i spørgsmål omkring Limfjorden.
Embedsmandsgruppe
Det politiske forum understøttes af en embedsmandsgruppe og et fælles sekretariat. Embedsmandsgruppen udgøres af chefer fra de deltagende kommuner eller tilsvarende repræsentanter med beslutningskompetence. Embedsmandsgruppen er sparringspartner for det Politiske Forum og sikre, at diskussionerne og beslutningerne i det Politiske Forum forankres i medlemskommunernes relevante politiske udvalg. Det er endvidere embedsmandsgruppens mål at fastholde og udbygge den faglige viden og samarbejdet omkring Limfjorden.
Embedsmandsgruppen nedsætter løbende arbejdsgrupper i det omfang der er behov for det. Arbejdsgrupperne forestår typisk udarbejdelsen af dvs. notater, høringssvar, og udredninger i øvrigt.
Sekretariat
Limfjordsrådet har endvidere et fælles sekretariat, der fysisk er placeret i Aalborg. Sekretariatet servicerer det Politiske Forum og Embedsmandsgruppen samt indsamler, bearbejder og præsenterer faglig viden relateret til opfyldelse af Limfjordsrådets formål.